従業員の机を開けてみましょう。

机は会社の資産です。 従業員の持ち物ではありません。 問題ない範囲で見てください。

ボールペンが沢山入っていないのでしょうか?

1本100円のボールペンが10本余計に入っていたら、従業員100人いたら、ここに無駄は10万円あります。

紛失しても、気にする人は何名いるでしょうか?

ハサミや糊などそれほど使わないものは、皆で共有しましょう。
会社のデスクでティータイム